מוסד הרצל הוקם כמרכז מחקר אקדמי באוניברסיטת חיפה ביוזמתו ותמיכתו של ד"ר ראובן הכט בשנת 1987. מאז הקמתו המוסד יוזם, מוביל ומנהל פרויקטים מחקריים בתחומים הקשורים לתולדות הציונות ההרצליאנית, להיסטוריה הפוליטית, התרבותית והחברתית של שיבת ציון ושל מדינת ישראל ובסוגיות הקשורות בהיסטוריה של הלאומיות המודרנית בכלל ושל הזהות הלאומית כמאפיין חיוני ודינמי של מדינת-הלאום בפרט. בשנים האחרונות מוסד הרצל מקדם ויוזם מחקר ודיון בנושאים הקשורים במעמדה של מדינת ישראל בזירה הבינלאומית ובדינמיקה הפוליטית של שנאת ישראל כפי שהיא באה לידי ביטוי באנטישמיות החדשה ובאפן שבו היא מתגלמת באנטי-ציונות העכשווית.
במוקד העשייה האקדמית של מוסד הרצל נמצאת הפעילות המחקרית שהוא יוזם ומקדם. חשיבות מיוחדת יש להנגשת פירות המחקר באמצעות פרסומים דיגיטליים הכוללים ספרי עיון, מונוגרפיות קצרות, מאמרים וקבצי תעודות. בנוסף יוזם מוסד הרצל עריכת ימי עיון ומפגשי חוקרים בהשתתפות חוקרים מישראל ומחוצה לה.
במסגרת הפעילות המחקרית תומך מוסד הרצל במחקרים שמבצעים דוקטורנטים ופוסט-דוקטורנטים בנושאים שמקדמים את סדר היום המחקרי של מוסד הרצל. עמיתי המחקר של מוסד הרצל הם חוקרים מבטיחים מישראל ומהעולם שיש להם תרומה חשובה לקידומם של נושאי מחקר נבחרים ולטיפוח הקשרים בין מוסד הרצל ומוסדות אקדמיים בישראל ובעולם. הפרסומים של עמיתי המחקר הם חלק בלתי נפרד מהפעילות המחקרית של מוסד הרצל והם תרומה משמעותית למוניטין האקדמי של מוסד הרצל לחקר הציונות ושל אוניברסיטת חיפה.
מוסד הרצל מטפח שיתופי פעולה עם ארגונים ומוסדות בישראל העוסקים בלימוד היבטים שונים של הציונות כרעיון פוליטי, כמורשת היסטורית וכזהות לאומית המעוגנת בהקשרים חברתיים, אידיאולוגיים ותרבותיים שונים.
